آیا سدها اثرات منفی هم دارند؟ نه تنها تالاب‌ها و درياچه‌ها (مثلاً درياچه‌ی اروميه) با سدسازی بر روی رودخانه‌های ورودی، شورتر می‌شوند و رو به زوال می‌روند، بلكه حتی گاه درياها نيز دچار مشكل می‌شوند: كم شدن آب شيرين ورودی به خليج فارس ـ در كنار ديگر عوامل ـ سبب شورتر و آلوده‌تر شدن آب اين دريا و در نتيجه، كم شدن جمعيت ماهيان و آسيب‌ديدن زندگی مردمی كه وابسته به صيد هستند، شده است. سدها از نظر طول عمر مفيد و پايداری در بهره‌سانی به جوامع انسانی، در قياس با روشهای ديگر بهره‌برداری از آب، فايده‌ی كم‌تری دارند. استفاده از آب در امتداد رودخانه‌ها، و در پايين‌ترين بخشهای آن (مصب‌ها، تالاب‌ها، خورها) يا پخش سيلاب‌ها در دشت و هدايت اين آب‌ها به سفره‌های زيرزمينی (آب‌خوان داری) كه شيوه‌های ديرينه‌ی بهره‌برداری از آب شيرين هستند، در كنار ارتقای روشهای آبياری و صرفه‌جويی، می‌تواند شكل پايدارتری را از زيست هماهنگ با محيط براي انسان رقم زند.
عمر مفيد سدها معمولاً زير صد سال است، اما رودها، تالاب‌ها و سفره‌های زيرزمينی، عمر هزاران ساله دارند. در ايران كه فرسايش خاك، به دليل نابودی پوشش گياهی مرتعی و جنگلی، بسيار بالا است، عمر مفيد سدها به دليل انباشته شدن رسوب، حتی كم‌تر از آن چيزی است كه سازندگان آنها پيش‌بينی كرده‌اند. مثلاً برای سد سفيدرود، يك عمر هشتاد ساله با ظرفيت 8/1 ميليارد مترمكعب پيش‌بينی شده بود، اما پس از چهل سال، حدود 600 ميليون مترمكعب از حجم آن/يعنی به اندازه‌ی سه برابر حجم سد اميركبير) انباشته از گل و لای شده است. مقام‌های رسمی مسئول در بخش كشاورزی و آبياری كشور (در برآوردی كه خوش‌بينانه به نظر می‌رسد) می‌گويند كه سالانه در حدود يك درصد از حجم مخازن سدها با رسوب پر می‌شود. با اين حساب، با در نظر داشتن تعداد سدهای كشور، می‌توان گفت كه فقط با جلوگيری از فرسايش خاك و احيای جنگل‌ها و مراتع كشور، درواقع هر سال به اندازه‌ی يك يا دو سد به ذخيره‌ی آبی خود كمك خواهيم كرد. تازه، اين به جز كمكی است كه پوشش گياهی، به جذب اب در خاك و افزايش رطوبت محيط، می‌كند. سدها، مشكلات ديگري هم می‌سازند: به گفته‌ي مديركل امور عشايری خوزستان، آب‌گيري سد كارون 3 درياچه‌اي به طول 60 كيلومتر به وجود آورده كه نتيجه‌ی آن زير آب رفتن هزاران هكتار اراضی كشاورزی، مراتع و خانه‌های مردم بوده است، و در طراحی اين سد هيچ فكری برای مالكان عرفی منطقه نشده است (ميراث خبر 12/5/84). با از ميان رفتن مراتع و جنگل‌هايی كه به زير آب می‌روند، فشار بهره‌برداران اين نواحی، به نقاط ديگر منتقل می‌شود، يا دام‌داران و كشاورزان اين مناطق، به حاشيه‌نشين شهرها بدل می‌شوند. در ايران، تا يكی دو سال اخير، در برنامه‌های سدسازی هيچ توجهی به ميراث فرهنگی و محوطه‌های تاريخی كه به زير آب می‌روند، نشده است. با آب‌گيری سد كارون 3 بسياری از آثار باستانی ايذه، از جمله كاروانسرای 700 ساله‌ی خار سياه دون (و بی‌شمار آثار ناشناخته و كم شناخته شده‌ي ديگر) به زير آب رفتند. در پروژه‌ی سد سيوند هم آثار بسياری می‌رفت كه به كلی نابود شود، اما توجه سازمان‌های غيردولتی و مطبوعات به موضوع (با توجه به نزديك بودن محل پروژه به آثار بی‌نظير تخت جمشيد و پاسارگاد) توانسته آب‌گيری سد را به تاخير اندازد تا شايد گروه‌های پژوهشی بتوانند بخشی از ميراث منطقه را نجات دهند. اما در ده‌ها برنامه‌ی سدسازی ديگر هيچ برنامه‌ی شناسايی آثار تاريخی و عمليات نجات‌بخشی ميراث فرهنگی انجام نشده است. در آذربايجان، در جريان عمليات ساخت سد سهند پل ايلخانی گوچينلو تخريب شده و 9 محوطه‌ی باستانی در خطر غرق شدن است، در خوزستان، سد رامهرمز باعث نابودی سد باستانی جره خواهد شد؛ در فارس، سد ملاصدرا محوطه‌های باستانی مطالعه نشده‌ای را به زير آب برده يا خواهد برد (روزنامه‌ی ايران 27/12/84).
از عوارض ديگر سدسازی، تخريب گسترده‌ای دامنه‌های كوهستانی در جريان خاك‌برداری و جاده‌سازی و احداث تاسيسات ديگر است. نمونه‌ي كوچك اما بارز در اين زمينه، پروژه‌ی سد و نيروگاه سياه‌بيشه در جاده‌ی چالوس است. در اين پروژه، در چند كيلومتر از امتداد جاده، می‌توان شيب‌های سابقاً جنگلی و مرتعی را ديد كه به كلی مخروبه و مبدل به دامنه‌های پوشيده از خاك سست و بی‌گياه شده است. سدها، مسير مهاجرت پاره‌اي از ماهيان را كه براي تخم‌ريزي از دريا به رودخانه می‌آيند، مي‌بندند و به اين ترتيب نسل آنها را رو به انقراض می‌برند. همچنين، اكوسيستم پايين دست سد به علت كم شدن يا قطع جريان آب، ونيز به دليل باز كردن گاه به گاه دريچه‌های زيرين سد (براي رسوب‌زدايی) به شدت آسيب می‌بيند. خلاصه آن كه برنامه‌های سدسازی، از فعاليت‌هايی‌هستند كه محيط زيست را به شدت تحت تاثير قرار می‌دهند. مطالعه‌ی بوم‌شناختی همه جانبه، در نظر گرفتن منافع بهره‌برادران سنتی مسير رودخانه، توجه به منافع اقتصادی درازمدت به جای پاسخ دادن به نيازهای فوری يك منطقه، نظرخواهی از سازمان‌های زيست محيطی پيش از شروع پروژه، و باز گذاردن راه دسترسی به اسناد ارزيابی زيست محيطی طرح برای سازمان‌های غيردولتی، می‌تواند اثرات منفی سدسازی را به حداقل برساند.
از عوارض ديگر سدسازی، تخريب گسترده‌ای دامنه‌های كوهستانی در جريان خاك‌برداری و جاده‌سازی و احداث تاسيسات ديگر است. نمونه‌ي كوچك اما بارز در اين زمينه، پروژه‌ی سد و نيروگاه سياه‌بيشه در جاده‌ی چالوس است. در اين پروژه، در چند كيلومتر از امتداد جاده، می‌توان شيب‌های سابقاً جنگلی و مرتعی را ديد كه به كلی مخروبه و مبدل به دامنه‌های پوشيده از خاك سست و بی‌گياه شده است. سدها، مسير مهاجرت پاره‌اي از ماهيان را كه براي تخم‌ريزي از دريا به رودخانه می‌آيند، مي‌بندند و به اين ترتيب نسل آنها را رو به انقراض می‌برند. همچنين، اكوسيستم پايين دست سد به علت كم شدن يا قطع جريان آب، ونيز به دليل باز كردن گاه به گاه دريچه‌های زيرين سد (براي رسوب‌زدايی) به شدت آسيب می‌بيند. خلاصه آن كه برنامه‌های سدسازی، از فعاليت‌هايی‌هستند كه محيط زيست را به شدت تحت تاثير قرار می‌دهند. مطالعه‌ی بوم‌شناختی همه جانبه، در نظر گرفتن منافع بهره‌برادران سنتی مسير رودخانه، توجه به منافع اقتصادی درازمدت به جای پاسخ دادن به نيازهای فوری يك منطقه، نظرخواهی از سازمان‌های زيست محيطی پيش از شروع پروژه، و باز گذاردن راه دسترسی به اسناد ارزيابی زيست محيطی طرح برای سازمان‌های غيردولتی، می‌تواند اثرات منفی سدسازی را به حداقل برساند.
