همه چیز درمورد نرم افزار گاوس ویوو ( Gauss View )

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
  • نرم افزار گاوس ویوو ( Gauss View ) قسمت اول
  • درآمد
  • مبانی گاوس ویوو
  • گروه مدل ها، مدل ها و نماها
  • استفاده از ماوس
  • منوهای گاوس ویوو
  • فهرست راهنمای آیکون ها و موارد موجود در منو

  • نرم افزار گاوس ویوو ( Gauss View ) قسمت دوم
  • فهرست راهنمای آیکون ها و موارد موجود در منو
  • کارکردن با مولکول ها
  • Undo و Redo
  • روش بررسی کردن مولکول

  • نرم افزار گاوس ویوو ( Gauss View ) قسمت سوم
  • افزودن و حذف والانس ها
  • تمیزکاری ساختارها
  • بازپیوند ساختارها
  • اعمال تقارن
  • دیدن مولکول ها
  • قاب ها
  • انتخاب پنجره نماها
  • کارکردن با مولکول ها و گروه های مولکولی
  • دیدن فایل های ورودی Input
  • چاپ کردن فایل های بازشده
  • ذخیره ی مولکول ها

نرم افزار گاوس ویو (Gauss View) یک رابط (Interface) گرافیگی کمکی برای آماده سازی فایل های ورودی گاوسین است و برای بررسی گرافیکی فایل های خروجی که گاوسین می سازد استفاده می شود.قسمت دوم نرم افزار گاوس ویوو را می توانید در اینجا مشاهده کنید.


تصویر شبیه سازی شده
منبع :​
محاسبات فوق سریع ایرانیان


 
آخرین ویرایش:

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
درآمد

درآمد

گاوس ویوو با مِدول های محاسباتی گاوسین همبسته نمی شود اما یک پردازنده ی پیش از محاسبه/پس از محاسبه است که در استفاده ی از گاوسین کمک می کند. گاوس ویوو سه سودمندی اساسی را برای کاربران گاوسین به همراه دارد:
الف- گاوس ویوو از راه امکانات تصویری پیشرفته این امکان را به شما می دهد که به سرعت حتا ساختار مولکول های بسیار بزرگ را رسم کنید، سپس آنها را با عملکردهای ساده ی ماوس بچرخانید، حرکت بدهید یا آنها را درشت نمایی کنید. همچنین با این نرم افزار می توانید فایل های استاندارد مولکولی مانند pdb را باز کنید.

ب- آماده سازی و تنظیم بسیاری از انواع محاسبه های گاوسین را آسان می کند. این نرم افزار آماده سازی فایل های ورودی پیچیده را هم برای محاسبه های معمول و هم برای شیوه های پیشرفته ای مانند بهینه ­سازی های ONIOM، QST2/QST3، محاسبه های CASSCF، شرایط تناوبی مرزی (PBC) و بسیاری محاسبه های دیگر آسان می سازد. همچنین اگر گاوسین بر روی همان سیستمی که گاوس ویوو نصب است موجود باشد می توانید محاسبه های گاوسین را با آن آغاز کنید.

پ- گاوس ویوو این امکان را به شما می دهد که نتایج محاسبه های گوناگون گاوسین را با استفاده از فن آوری های گرافیکی گوناگونی بررسی کنید. نتایجی را از گاوسین که می توانید به صورت گرافیکی ببینید به شرح زیرند:
· ساختارهای مولکولی بهینه شده
· اربیتال های مولکولی
· رویه های چگالی الکترونی به دست آمده از هر چگالی محاسبه شده
· رویه های ویژگی های مغناطیسی
· بارهای اتمی
· پویانمایی شیوه های نرمال فرکانس های ارتعاشی
· طیف های IR، RAMAN، VCD و دیگر طیف ها
· پویانمایی بهینه سازی ساختارها، پیگیری مسیر واکنش IRC، اسکن رویه های انرژی پتانسیل و مسیر ADMP و BOMD
· رسم داده های انرژی کل و دیگر داده هایی از محاسباتی که شرح آنها در بالا آمد.

موارد منو با شکل کج نویس کمرنگ (Menu=>Item) نشان داده می شوند. کلیدها به صورت "Name button." فهرست می شوند. در ادامه جدولی را می­بینید که فهرستی از نام کلیدها، منوی معادل مسیر-کلید و میانبرهای صفحه کلید را در خود دارد.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
مبانی گاوس ویوو

مبانی گاوس ویوو

بخش اصلی نرم افزار گاوس ویوو از چندین پنجره به اضافه ی پنجره های گفتگوی دیگر که در حین کار می بینید تشکیل شده است. شکل 1 مرحله ای را نشان می دهد که در آن کاربر در ابتدای کار ساختن یک مولکول قرار دارد.
شکل 1- گاوس ویوو بر روی صفحه نمایش

چندین ویژگی از نرم افزار گاوس ویوو را در شکل بالا می توانید ببینید: از گوشه ی بالایی سمت چپ و در جهت ساعتگرد شروع می کنیم، ابتدا صفحه ی کنترل اصلی گاوس ویوو را می بینیم که شامل نوار منو، نوارابزارهای گوناگون و پنجره ی مربوط به قطعه ای که در حال کار روی آن هستید است. سپس صفحک هایی را می بینیم که که برای انتخاب گروه های عاملی و حلقه ها جهت افزودن به یک مولکول استفاده می شود ( دقت کنید که اینها می توانند به شیوه های شرطی شده یا غیرشرطی استفاده شود و این بسته به این دارد که کاربر چه اولویت هایی را برگزیده است). سرانجام پنجره ی فعال را می بینیم که دربردارنده ی مولکولی است که باید ساخته شود.
نرم افزار گاوس ویوو شامل اجزای اصلی زیر است:


  • قاب کنترل دارای نوار منو و نمایش قطعه ی در حال کار.
  • نوارابزارهای گوناگون. به طور پیش فرض این نوارابزارها زیر نوار منو در قاب کنترل قرار دارند اما می توانند اگر که کاربر تمایل داشته باشد از آنجا جدا شوند ( شکل 2 را ببینید ). در صورت تمایل این نوارابزارها را می توان در قاب کنترل بازآرایی کرد ( که در نتیجه پنجره ی شما از پنجره ی نشان داده شده در شکل 1 تفاوت خواهد داشت).
  • یک یا تعداد بیشتری پنجره ی نمای مدل.
  • پنجره های گفتگوی مربوط به ویژگی های گوناگون گاوس ویوو.
  • اولویت هایی که جنبه های گوناگون کاربری برنامه را کنترل می کند.

شکل 2- نوارابزارهای گاوس ویوو به شیوه ی جدا از هم.
این نوارابزارها به طور پیش فرض زیر نوار منو در قاب کنترل گاوس ویوو دیده می شوند. نوارابزار Builder نیز وقتی به شیوه ی View=>Builder انتخاب شود می تواند همان طور که در سمت راست هست دیده شود.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
گروه مدل ها، مدل ها و نماها

گروه مدل ها، مدل ها و نماها

گاوس ویوو از این ساخت ها برای سازماندهی بسیاری از مولکول ها که با آنها هر زمانی ممکن است کار شود استفاده می کند.


  • بیشتر مواقع یک مدل، مولکولی تکی است که به طور منفرد از دیگر مولکول ها روی آن کار می شود که معمولا فایل آن باز است. مدل عموما به فایل تکی اشاره دارد که در رایانه ذخیره شده است.
  • اگر برای یک مدل بیش از پنجره باز باشد به هر پنجره با کلمه ی نما اشاره می کنیم. بنابراین یک پنجره ی نما یک مدل را نشان می دهد و نماهای گوناگون ممکن است جهتگیری های مختلف یک مدل و ویژگی های همان مدل/مولکول را نشان دهد.
  • یک گروه مدل (Model group) مجموعه ای از یک یا چند مدل است که به عنوان یک واحد بر روی آنها کار می شود. گروه مدل هایی که بیش از یک مدل دارند، هر مدل را در یک زیرپنجره در پنجره ی با نمای ترکیبی نشان می دهد ( شکل 3 را ببینید). به گروه مدل ها نیز با نام گروه های مولکولی اشاره می شود.



شکل3- یک گروه مدل شامل 20 مولکول ( مدل)
این کنترل در نوارابزار تنها هنگامی پدیدار می شود که تعداد مدل در یک گروه مدل بیشتر از یکی باشد. آیکون انتهای سمت راست نوار منو (
) بین پنجره های تکی (چپ) و نمای چندپنجره ای حرکت می دهد.

نوار عنوان هر پنجره ی نما، اطلاعاتی را درباره ی گروه مدل جاری، مدل و نما نشان می دهد. در شکل 3 پنجره ی سمت چپ 10امین مدل در اولین گروه مدل را نشان می دهد که در ضمن اولین نما هم هست. مدل های گوناگون در یک گروه مدل را می توان با فشردن دکمه ی سبز در نوارابزار پویانمایی کرد. این پویانمایی را می توان با فشردن دکمه ی قرمزرنگ X که جایگزین دکمه ی سبز می شود متوقف کرد. سرعت نمایش پویانمایی با تنظیم در قاب عمومی نمایش ارجحیت ها قابل کندکردن است.
هنگامی که فایل نتایج برای گونه ی ویژه ای از محاسبه ها گشوده می شوند ( مانند بهینه سازی ساختارهای فضایی ) گروه مدل ها به طور خودکار ( یا با درخواست کاربر ) ایجاد می شوند. این گروه مدل ها را می توان به طور دستی با افزودن مدل های اضافی به یک گروه مدل جاری ایجاد کرد. این گروه مدل ها در بعضی از انواع محاسبه های گاوسین ( مانند QST2 و QST3 ) به عنوان ورودی استفاده می شوند.

 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
استفاده از ماوس

استفاده از ماوس

برهمکنش با مولکول ها با استفاده از سه حرکت ماوس طراحی شده است. عملکرد دکمه های ماوس در جدول زیر شرح داده شده است:

دقت کنید که این کارکردهای ماوس در هر نمایش مولکولی ( شامل پنجره های گفتگوی گاوس ویوو ) فعال است.



محدود کردن کنش های ماوس به یک قطعه

اگر دو موردی که مدّ نظر شما هستند ( با پیوند شیمیایی قابل دیدن بر روی صفحه ) به هم متصل نباشند می توانید آنها را روی صفحه به طور جداگانه با پایین نگه داشتن کلید Alt و حرکت دادن نشانگر با ماوس دستکاری کنید. در غیر این صورت دوساختاری که در یک پنجره ی نما هستند با حرکت ماوس با هم حرکت می کنند نه به تنهایی. هنگامی که از کلید Alt استفاده می کنید تنها بخشی که به نشانگر نزدیک تر است تحت تاثیر قرار می گیرد.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
منوهای گاوس ویوو

منوهای گاوس ویوو

گاوس ویوو دارای منوهای زیر است که هدف کلی هر یک از آنها در زیر می آید:

File: ساختن، باز کردن، چاپ و ذخیره ی ساختارها و افزون بر این ارجحیت های گاوس ویوو.


Edit: اجرای ساخت مولکول ها و امور مربوط به پیکربندی.

View: مدیریت و برهمکنش با نمایش مولکول ها

Calculate : تنظیم و اجرای محاسبه های گاوسین و دیدن محاسبه هایی که گاوس ویوو آنها را آغاز کرده است.



Results : بررسی نتایج محاسبه ها مانند سطوح، طیف ها، نمودارها و پویانمایی ها.

Windows: مدیریت پنجره های گوناگون گاوس ویوو.

Help : دیدن کمک آنلاین گاوس ویوو.

 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
کارکردن با مولکول ها

کارکردن با مولکول ها

در این بخش ویژگی های ساختن مولکول ها و دیدن آنها را در گاوس ویوو خواهیم داشت. با این انتخاب ها نه تنها شما می توانید ساختارهای جدیدی را اتم به اتم یا از قطعه های آماده بسازید بلکه روی مولکول هایی که قبلا محاسبه ی آنها انجام شده است کار کنید.

قرار دادن عناصر و قطعه های مولکولی
ابزارهای ساخت مولکول گاوس ویوو همیشه روی پنجره ی فعال عمل می کنند. برنامه عموما در وضعیت insert/replace آغاز می شود و می ماند مگر این که یکی از این انتخاب ها که در زیر توضیح داده می شود صراحتا از برنامه بخواهد که به شیوه ای متفاوت عمل کند.

با کلیک کردن در ناحیه ی آزاد پنجره ی نما، اتم یا قطعه ی موردنظر به صورت یک بخش مجزا به پنجره اضافه می شود. اگر روی یک اتم موجود کلیک کنید مورد دلخواه شما را در نقطه ی موردنظر شما به ساختار موجود می افزاید و معمولا جایگزین آن می شود ( دیگر گزینه ها بعدتر مورد بحث قرار می گیرد).

اتم یا قطعه ی دلخواه با استفاده از یکی از کلیدهای element، Groups، Rings و یا Bio و سپس انتخاب یکی از موارد از قاب موردنظر برگزیده می شود. مورد جاری همیشه در ناحیه ی قطعه ی جاری پنجره ی کنترل گاوس ویوو یا ناحیه ی قطعه یفعال قاب Builder ( شکل 4 را ببینید ) پدیدار می شود. قاب Builder از مسیر View=>Builder باز می شود.
شکل 4- نمایش قطعه ی جاری/فعال Builder

اتم یا قطعه ی انتخاب شده هم در پنجره ی کنترل و هم در قاب Builder به شکل اصلی اگر که نمایان باشد ( در بالا سفیدرنگ است) دیده می شود. در ادامه، کلیک روی پنجره ی قطعه ی فعال، قاب مربوط به آیکون آن قطعه ی انتخاب شده بالای آن باز می شود. اگر دوباره در قاب کنترل و نوار ابزار جدای Builder بر یک قطعه کلیک کنید قاب آن باز می شود همانگونه که کلیک بر روی پهنه ی نمایش Current Fragment این کار را انجام می دهد ( در اینجا Carbon Tetrahedral است )

قاب Element

پنجره ی انتخاب عنصر این امکان را می دهد که یک عنصر را از جدول تناوبی انتخاب کنید. هنگامی که روی یک عنصر کلیک می کنید الگوهای کوئوردینانسیونی ممکن مختلف برای آن عنصر در پایین پنجره نمایان می شود ( شکل 5 را ببینید ). عنصر پیش فرض کربن چهاروجهی است.


شکل 5- قاب انتخاب عنصر
انواع اتصالات مختلف موجود پایین این قاب دیده می شود
قاب Group
با انتخاب پنجره ی قطعه یR-Group می توانید قطعه های گروه های عاملی را که با روش AM-1 بهینه شده اند انتخاب کنید. این قاب در شکل 6 نشان داده شده است. گروه پیش فرض کربونیل ( فرمالدیید ) است.

شکل 6- قاب انتخاب قطعه ی R-Group
از این قاب برای انتخاب گروه عاملی دلخواه استفاده کنید.
قاب حلقه ها
از پنجره ی Ring برای انتخاب یک سری ساختار حلقوی که با روش AM-1 بهینه شده است استفاده کنید. این چنجره در شکل 7 نشان داده شده است. حلقه ی پیش فرض Benzen است.
شکل 7- پنجره ی انتخاب قطعه حلقه ها
از این پنجره برای انتخاب سیستم حلقه ای دلخواه استفاده کنید.


دقت کنید که چند تا از این قطعه ها از پیوند غیر قراردادی استفاده می کنند. این قطعه ها شامل حلقه ی پنج ضلعی با یک پیوند آزاد عمود بر صفحه ی حلقه است. این لیگاند cyclopentadienyl برای استفاده در ساخت سیستم های آلی فلزی است.



قاب Bio
پنجره ی گفتگوی قطعه های زیستی Biological Fragments مجموعه ای از قطعه ها را نشان می دهد که با روش AM-1 بهینه شده اند که برای پژوهشگران زیست شناسی مفیدند: آمینو اسیدها و پایه های گوناگون DNA ( شکل 8 ). قطعه ی Bioی پیش فرض دنبالک مرکزی آلانین است.



شکل 8- انتخاب قطعه های زیستی
از قسمت های گوناگون در این پنجره برای انتخاب آمینو اسیدها و پایه های DNA استفاده کنید.

قسمت Type به شما این امکان را می دهد که آمینو اسید یا نوکلئوسید را انتخاب کنید. هنگامی که آمینو اسید انتخاب شد منوی کرکره ای پایینی برای انتخاب آمینو اسید استفاده می شود و منوی کناری آن برای مشخص کردن شکل ساختاری به عنوان قطعه ی مرکزی، قطعه ی آمین-انتهایی یا کربونیل-انتهایی ( این دو مورد آخری به ترتیب شکل های N-انتهایی و C-انتهایی هستند ). هنگامی که بخش Type بر Nucleoside تنظیم شود، منوی کرکره ای سمت چپ زیر آن برای انتخاب پایه یDNA دلخواه استفاده می شود و منوی کرکره ای سمت راستی برای مشخص نمودن شکل ساختاری قطعه یمرکزی، قطعه ی C3'- انتهایی، C5'-انتهایی یا نوکلئوسید آزاد.


شناور نگاه داشتن قاب ها بر صفحه
برخلاف نسخه های پیشین گاوس ویوو قاب های رایج قطعه مولکول ها را در گاوس ویوو می توان به شیوه های شرطی ( به شکل پنجره ی گفتگو ) یا غیرشرطی ( به شیوه ی قاب شناور در صفحه ) استفاده کرد. آیکون پونز در گوشه ی بالایی پنجره نشان می دهد که آیا قاب هنگام انتخاب قاب دیگر ( یا هنگامی که محتوایی نه برای ساختن وارد می شود ) بسته خواهد شد یا خیر. پونز فشرده شده به داخل
نشان می دهد که قاب به ضمیمه شده است. اگر نوک پونز رو به بالا
باشد نشاندهنده ی کارکرد شرطی است.

 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
روش بررسی کردن مولکول

روش بررسی کردن مولکول

کلید Inquire
این امکان را به شما می دهد که مستقیما از پنجره ی نما با کلیک کردن روی اتم موردنظر اطلاعات وضعیت فضایی را درخواست کنید. توجه داشته باشید که لازم نیست این اتم ها با هم پیوند داشته باشند.
شکل 9- نمایش روش Inquire
این نمایش مقدار زاویه ی پیوند انتخاب شده را در گوشه ی پایین سمت چپ نشان می دهد

تعداد اتم هایی که انتخاب می کنید نتیجه ی نمایش را روی پنجره ی نما تغییر می دهد:

· 1 اتم: نوع اتم و شماره گذاری آن
· 2 اتم: طول پیوند ( فاصله )
· 3 اتم: زاویه ی بین اتمی
· 4 اتم: زاویه ی دووجهی 4-3-2-1



دکمه های کشویی هوشمند در قاب Semichem

سه دکمه ی هوشمند Bond و Angle و Dihedral پنجره ی گفتگوی Semichem SmartSlide را درخواست می کنند که تصحیح سریع و شهودی مولفه های ساختار فضایی را ممکن کی کند. دقت کنید که کلید OK باید پیش از آن که واقعا این تغییرات در مولکول اعمال شود فشرده شود. با کلیک روی دکمه ی close هیچ تغییری اعمال نمی شود ( مانند کلید Cancel )


کلید کشویی هوشمند Bond

در شکل 10 کلید کشویی هوشمند Bond نشان داده شده است. مقادیر طول پیوند ابتدایی برای فاصله ی بین دو اتم انتخاب شده تنظیم شده است. کلید کشویی هوشمند دسترسی به تمام انواع پیوندهای ممکن را مهیا می کند.

شکل 10- کلید کشویی هوشمند Bond
این پنجره ی هوشمند می تواند برای افزودن، برداشتن یا تغییر طول پیوندها استفاده شود.

فاصله ی بین اتمی به طور پویا با تغییر مکان کلید لغزنده به چپ و راست در امتداد محور مقیاس، تنظیم می شود. همچنین می توان مقادیر را مستقیما در کادر متن وارد نمود.
می توانید نوع پیوند را با کلیک کردن روی یکی از کلیدهای رادیویی نوع پیوند، بدون این که والانس روی اتم هایی را که پیوند آنها برداشته شده است تغییر بدهید. توجه کنید که این کار مانند شیوه های مکانیک کوانتومی در برنامه ی گاوسین کاملا بصری است اما آن جا بیشتر، پیوندها از روی تابع موج تعیین می شوند. توجه کنید که پنجره ی کلید کشویی هوشمند Bond برای افزودن پیوند بین اتم هایی که پیوند ندارند هم استفاده می شود. خیلی ساده بر روی دو اتمی که می خواهید به طور معمول به هم پیوند شوند کلیک کنید. هنگامی که پنجره ی مزبور باز شد روی نوع پیوند دلخواه کلیک کنید. با روشی مشابه برای برداشتن پیوند، دو اتم را انتخاب کنید و سپس کلید رادیویی None را در پنجره ی گفتگو انتخاب کنید.

قسمت Displacement نشان می دهد که چگونه باید با گروه های متصل به اتم هایی که فاصله ی آنها تغییر می کند برخورد شود:
Translate Atom : یعنی تنها اتم را جابجا شود و وضعیت مکانی گروه های متصل به آن در فضا حفظ شود.
Translate Group : یعنی گروه های متصل به اتم مورد نظر، همراه با تغییر مکان اتم مربوطه جابجا شود.
Fixed : اتم یا گروه موردنظر جابجا نشود ( تمام جابجایی ها روی اتم دیگر رخ می دهد ).

شکل 11 آثار ترکیب های متفاوت این انتخاب ها را نشان می دهد.
شکل 11- گزینه های تصحیح طول پیوند
تمام این ساختارها از بلندتر کردن طول پیوند بین دو اتم C نتیجه می شوند ( همه به یک اندازه در تمام موارد ). در شکل سمت چپ اتم 1 و اتم 2 بر روی Translate Atom تنظیم شده است. در شکل چپ اتم 1 ثابت است و اتم 2 بر روی Translate Atom تنظیم شده است. این دو را با تصویر میانی که در آن هم اتم 1 ثابت مانده است و اتم 2 بر روی Translate Atom تنظیم شده است مقایسه کنید. گروه متیل بالایی در مورد اول ثابت می ماند در حالی که زاویه ی پیوند 1-2-R در تصویر میانی بدون تغییر می ماند. تصویر سمت راست هردوی اتم ها را روی Translate Atom تنظیم می کند که احتمالا رایج ترین انتخاب برای چنین موردی است.

کلید کشویی هوشمند Angle و Dihedral

شکل 12 پنجره ی گفتگوی مربوط به کلید کشویی هوشمند زاویه Angle را نشان می دهد. پنجره ی گفتگوی مربوط به کلید کشویی هوشمند Dihedral مشابه است اما شامل قسمت جابجایی Displacement تنها برای اتم های 1 و 4 است.


[FONT=tahoma,arial,helvetica,sans-serif]شکل 12- کلید کشویی هوشمند Angle و Dihedral
این پنجره ی گفتگو می تواند برای تصحیح زوایای پیوندی و دووجهی ( بسته به تعداد اتم ها که انتخاب شده اند ) استفاده شود.
شکل 13 بعضی ترکیب های گوناگون جابجایی ها را برای زاویه ی پیوندی نشان می دهد. انتخاب های ممکن به شرح زیرند:

  • Rotate Atom: تنها اتم را جابجا می کند و مکان فضایی گروه ها را تغییر نمی دهد.
  • Translate Group: گروه متصل را همراه با اتم به صورت یک مجموعه حرکت می دهد
  • Rotate Group: موقعیت گروه همراه با اتم ها نیز با تغییر زاویه می چرخد.
  • Fixed: اتم یا گروه را جابجا نمی کند ( تمام جابجایی ها در اتم های دیگر رخ می دهد).
[/FONT]

1,2=Fixed, 3=Rotate Group​
1,2=Fixed, 3=Translate Group​
1,2=Fixed, 3=Translate Atom
1,2=Rotate Group, 3=Fixed​
1,2=Translate Group, 3=Fixed​
1,2=Rotate Atom, 3=Fixed​
[FONT=tahoma,arial,helvetica,sans-serif]شکل 13- گزینش های تصحیح زاویه ی پیوندی

تمام این موارد از افزایش زاویه ی پیوندی 1-2-3 نتیجه می شود. در ردیف بالایی اتم های 1 و2 هر دو ثابت نگه داشته می شوند. این نتایج را با افزایش زاویه ی پیوند به همان اندازه ی سه مورد پیشین مقایسه کنید ( وضعیت عادی اتم های حلقه و گروه های متیل را به یاد داشته باشید ). جابجاکردن گروه متیل متصل به اتم 3 از میزان صفر، در اولین عکس تا مقدار اندکی در تصویر 2 و تا مقدار قابل توجهی در تصویر 3 تغییر می کند. در ردیف دوم اتم 3 ثابت نگه داشته می شود در حالی که دیگر انتخاب ها برای اتم های 1 و 2 به کار برده می شود. مقایسه ی این شکل ها با انجام آنها به صورت عملی تفاوت بین موارد را روشن و مانوس می کند.
[/FONT]​
 
  • Like
واکنش ها: quan

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
قسمت سوم | افزودن و حذف والانس ها

قسمت سوم | افزودن و حذف والانس ها

کلید Add Valence
یک والانس یا ظرفیت اضافی را ( که به صورت اتم هیدروژن نشان داده می شود ) به اتمی که با ماوس روی آن کلیک می شود می افزاید. این ظرفیت جدید تا جایی که ممکن است دور از دیگر اتمهای متصل به این اتم قرار می گیرد. به طور مشابه کلید Delete Atom
اتم ها را حذف می کند و ظرفیت های باز را باقی می گذارد. هنگامی که از این کلید استفاده می کنیم اتم انتخاب شده و تمام ظرفیت های تکی ( هیدروژن ها ) را که وصل به آن هستند حذف می کند. این کلید را می توان برای حذف یک پیوند آویزان نیز با کلیک روی خود پیوند به کار برد ( شکل 14 را ببینید ).


شکل 14- حذف یک پیوند آویژان ( ظرفیت آزاد )
کلید حذف اتم را می توان برای حذف اتم ها و پیوندهای آویزان به کار برد. مثالی از این مورد آخر در قسمت بالای مولکول در تصویر دید.
 
  • Like
واکنش ها: quan

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
تمیزکاری ساختارها

تمیزکاری ساختارها

منظور از تمیزکاری یا Clean همان بهینه سازی ابتدایی ساختاری است که در درست دارید. هم کلید Clean
و هم مسیر منوی Edit=>Clean ساختار فضایی مولکول را بر اساس یک سری قواعد تعریف شده که به درک و شهود شیمی نزدیک تر باشد تنظیم می کند. این نتایج تقریبی هستند و به هیچ وجه کامل نیستند. در مواردی که غیر کلاسیک هستند ( مانند حالت های گذار ) نتایج نیاز به تنظیم مجدد دارند. عملکرد Clean گاوس ویوو را می توان از راه کنترل های Clean در قاب preferences دلخواه کرد.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
بازپیوند ساختارها

بازپیوند ساختارها

کلید Rebond
و مسیر منوی Edit=>Rebond فرایند بازپیوند را آغاز می کند که در آن گاوس ویوو اتم های پیوند شده را بر اساس یک الگوریتم فاصله بازشناسی می کند. توجه کنید که گاوسین از اطلاعات پیوند نمایش داده شده برای محاسبه استفاده نمی کند. این اطلاعات تنها برای آن به تصویر درمی آید که بهتر است کاربر که شیمی مولکول را ببینید.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
اعمال تقارن

اعمال تقارن

پنجره ی گفتگوی تقارن گروه نقطه ای (Point Group Symmetry ) برای مشخص کردن تقارن دلخواه برای ساختار مولکولی استفاده می شود. با مسیر منوی Edit=>Point Group می توان به آن دسترسی یافت. کنترل های موجود در این پنجره مفهوم های زیر را دارند:


• Enable point group symmetry : ویژگی های تقارنی گاوس ویوو را فعال می کند.
• Constrain to subgroup : یک گروه نقطه ای را انتخاب می کنید تا ساختار را به آن مقید کند.
• For : All changes را انتخاب کنید تا تقارن را بر روی تغییرات ساختاری آتی القا کند. None قیدهای تقارنی را غیرفعال می کند.
• Approximate higher-order point groups : زیرگروه های تقارنی بالاتری که می تواند به کار رود.
• Tolerance : تراز Cutoffی که زیر آن پارامترهای ساختاری معادل درنظر گرفته می شوند.
• کلید Symmetrize : بلافاصله گروه نقطه ای مرتبه-بالاتر بر ساختار مولکولی القا می شود.
• Always track point group symmetry : به گاوس ویوو می گوید که مداوما قیدهای گروه نقطه ای را با تغییرات
ساختار فضایی محاسبه کند. از این مورد در کنار قید تقارنی یی که روی None تنظیم شده است استفاده کنید تا همچنان که پارامترهای ساختاری تنظیم می کنید مداوما تغییرات گروه نقطه ای راببینید ( مثلا از دکمه ی لغزنده طول پیوند استفاده کنید ). معمولا گروه نقطه ای تنها پس از آن که تغییرات کامل شد شناخته می شود. برای مولکول های بسیار بزرگ روی سیستم های کندتر رایانه ای فعال کردن این مورد می تواند موجب تاخیر در زمان پاسخ دادن شود.




شکل 15- القای تقارن بر یک ساختار
در این مثال گاوس ویوو گروه نقطه ای جاری را برای این ساختار کج-شکل مولکول بنزن C1 تشخیص داده است. همچنین تشخیص داده است که گروه نقطه ای C2v هم می تواند مناسب باشد. با فشردن کلید Symmetrize این گروه نقطه ای مشخص شده به ساختار القا می شود. می توان از بخش Symmetrize برای مقیدترکردن یا کاستن از روند تشخیص قید تقارنی استفاده کرد. در این مورد با کاستن از قید ( انتخاب loose(0.1) ) تقارنی می توان به گاوس ویوو امکان داد که بالاترین گروه تقارنی قابل دستیابی را D6h شناسایی کند.


کلید Symmetrize
در نوارابزار و مورد منوی Edit=>Symmetrize هردو بلافاصله بالاترین گروه نقطه ای قابل تشخیص را بر ساختار جاری القا می کند که از جدیدترین تنظیم Tolerance ( یا از تنظیم پیشین ) در پنجره ی گفتگوی Point Group Symmetry برای مولکول استفاده می کند.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
دیدن مولکول ها

دیدن مولکول ها

گاوس ویوو دارای کنترل ها و ویژگی های گوناگونی برای سفارشی سازی دیدن مولکول در پنجره ی نما است. به این ویژگی ها می توان از راه منوی View و نیز در بعضی آیکون های نوارابزار دسترسی یافت. منوی View نیز با راست کلیک ماوس در یک فضای آزاد ( نه روی جایی در مولکول ) هر پنجره ی نما یا دیگر نمایش های مولکولی قابل دسترسی است.



شکل

قرار دادن مولکول در مرکز پنجره ی نما


کلید Center
و یا مسیر منوی View=>Center تصویر مولکول را در مرکز پنجره نمای فعال قرار می دهد و آن را دوباره اندازه بندی می کند ( اما ویژگی های مولکولی را تغییری نمی دهد ) تا بتوان از فضای کاری در دسترس بیشترین بهره را برد.





برگزیدن اختیاری موارد نمایش


چندین انتخاب در منوی View نمایش موارد اختیاری را در پنجره ی نما کنترل می کند
View=>Hydrogens : نمایش اتم های هیدروژن در پنجره ی نما ( از ابتدا فعال است )
View=>Dummies : نمایش اتم های مصنوعی Dummy اگر که موجود باشند ( از ابتدا فعال است )
View=>Labels : نمایش برچسب عددی اتم ها که نشان دهنده ی عدد ترتیب اتم هاست ( از ابتدا غیرفعال است )
View=>Symbols : نمایش نماد شیمیایی هر اتم ( از ابتدا غیرفعال است )
View=>Bonds : نمایش پیوند بین اتم ها ( از ابتدا فعال است )
View=>Cartesian Axes : نمایش محورهای مختصات دکارتی ( X و Y و Z ) ( از ابتدا غیرفعال است ). این ویژگی در شکل 16 نشان داده شده است.


می توانید برای این موارد به وسیله ی قاب عمومی اولویت های نمایش preferences را به صورت مقادیر پیش فرض مشخص کنید. توجه کنید که هنگامی که مورد منوی View=>Labels برچسب زده شود در قاب preference برچسب ها نشان داده می شود. همچنین می توانید برچسب و نمادهای اتم های هیدروژن و کربن را با استفاده از موارد Exclude View Labels و Exclude View Symbols در قاب Text نمایش preferences حذف کنید ( پیش فرض در هردوی این موارد آن است که هیچ اتمی مستثنا نیست ).



شکل 16- نمایش محورهای مختصات دکارتی
این پنجره نشاندهنده ی گزینش نمایش محورهای دکارتی گاوس ویوو است.


شکل 16a نمای مولکولی را نشان می دهد که دربردارنده ی اتم های مصنوعی Dummy است. در این نمایش این اتم ها به صورت گوی های کوچک ارغوانی دیده می شوند. می توان با استفاده از مسیر منوی View=>Dummies نمایش آنها را غیرفعال کرد.

شکل 16a- دیدن اتم های مصنوعی
اتم های مصنوعی با ورودی گاوسین برای این مولکول به صورت گوی های ارغوانی کوجک نشان داده شده اند.
فرمت های نمایش مولکول
کلید Display Format و مورد منوی View=>Display Format هر دو پنجره ی گفتگوی Display Format را باز می کنند. هر قاب هم در این پنجره ی گفتگو دارای یک همزاد در ویژگی های Display preferences است. در اینجا فعلا قاب های General، Text و Molecule را مورد توجه قرار می دهیم و قاب Surface را در جای دیگری بررسی خواهیم کرد.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
قاب ها

قاب ها

قاب General موارد حاضر در قاب General کیفیت نمایش مولکول، موارد اضافی نمایش داده شده در in addition to the atoms ( که در بالا اشاره شد ) و ویژگی نمایش مه آسا ( Fog Feature ) را کنترل می کنند. این ها در شکل 17 نشان داده شده است. مورد حاضر در بخش بالای این قاب کنترل کننده آن است که چگونه مولکول دیده شود هم هنگامی که در پنجره ی نما با کنش ماوس حرکت داده می شود و هم هنگامی که حرکتی ندارد. در رایانه های کندتر اغلب مفید است که در بخش Stationary Object Display لغزنده را بیشتر در امتداد مقیاس به سوی انتهای Realistic و در بخش Moving Object Display بیشتر به انتهای Fast ببریم.




شکل 17- قاب General در پنجره ی گفتگوی Display Format


چک باکس Smooth در نمایش مولکول روان نشان دادن را فعال/غیرفعال می کند و چک باکس Spotlight بُعد بخشیدن شبیه سازی شده را بر روی محتوای پنجره فعال/غیرفعال می کند. چک باکس Use Fog to Improve Depth Perception موجب می شود که اتم های اتم های دورتر در پنجره ی نما دورتر نمایانده شوند تا دیده نشوند که موجب می شود اتم های نزدیکتر مشخص تر شوند. قسمت Fog has Zero Visibility at عمقی که در آن اتم ها کاملا دیده نمی شوند را کنترل می کند. این ویژگی در شکل 18 نشان داده شده است. در این مثال تصویر سمت چپ مولکولی را نشان می دهد که ویژگی fog برای آن غیرفعال شده است. و اتم های پیشین مشخص تر از اتم هایی هستند که دورترند.

شکل 18- ویژگی ابری کردن ساختار
نوع نمایش بین دو پنجره را مقایسه کنید تا اثر ابری کردن را درک کنید.

قاب Molecule
انتخاب های موجود در این قاب کنترل می کنند که چگونه اتم ها و پیوندها در پنجره ی نما نشان داده شوند. سه منوی کرکره ای مشخص می کنند که چگونه اتم ها در در هر یک از سه لایه ی ONIOM (High Layer، Medium Layer و Low Layer ) نشان داده شوند. اگر امکانات ONIOM استفاده نشود فقط تنظیم بالاترین لایه (High Layer ) استفاده می شود. قاب Molecule در شکل 19 نشان داده شده است.

شکل 19- قاب Molecule در پنجره ی Display Format​
موارد گوناگونی در این قاب جنبه های نمایش مولکولی را کنترل می کند.





تنظیمات نمایش لایه نیز را می توان با دیگر ویژگی های گاوس ویوو که ربطی به ONIOM ندارد ( مانند نمایش اتم ها در مرز سلول واحد PBC ) نیز استفاده کرد.
انواع نمایش های گوناگون موجود به شرح زیرند:
• Ball & Stick: مولکول به صورت مدل گوی و میله نمایش داده می شود که تمام پیوندها به شکل میله نمایش داده می شوند. این مورد پیش فرض است.
• Ball & Bond: مولکول به صورت مدل گوی و میله نشان داده می شود با این تفاوت که پیوندهای یگانه با یک میله، و پیوندهای چندگانه با چند میله نمایش داده می شوند و یا در مورد سیستم های آروماتیک با خط-تیره.
• Tube: مولکول به صورت مدل لوله ای نمایش داده می شود و هیچ مشخصه ای برای نوع پیوند در نظر گرفته نمی شود. نوع اتم ها با نوار رنگی روی لوله ها نشان داده می شوند.
• Wireframe: مولکول به صورت مجموعه ای از خطوط نازک که نوع اتم ها با رنگ و نوع پیوندها با تعداد خطوط نشان داده می شوند.
• None: اتم ها نامریی هستند ( تنها برای مدل های چندلایه ای مفید است )


استفاده از چک باکس Vanderwaals Radii و Scale Radii در این بخش موجب می شود اتم ها در پنجره ی نما در مقیاس شعاع کووالانسی واندروالس نمایش داده شوند. استفاده از مقدار مقیاسی 150-200 درصد نمایش مولکولی شبیه فضاپرکن را می دهد.


لغزنده ی Z-Clip می تواند برای برداشتن بخش پیشین مولکول جهت دیدن نمای داخلی مولکول استفاده شود.
کاربرد چک باکس Bond Color این است که در فرمت لوله ای پیوندها بسته به نوع اتم، کمی یا کاملا رنگی باشند. این دو انتخاب در شکل 20 نشان داده شده اند.



شکل 20- فرمت های نمایش Tube​
این پنجره ها پیرازین را با کمک فرمت نمایشی tube بدون ( چپ ) و با ( راست ) استفاده از مورد Use Bond Color نشان می دهند. فرمت سمت چپی همان پیش فرض است.

قاب Text

قاب Text در پنجره ی گفتگوی Display Format فونت و رنگ برچسب اتم ها و نمادها را کنترل می کند و بعلاوه امکان می دهد برخی از اتم ها را همانگونه که در پیش گفتیم از برچسب خوردن مستثنا شوند. این امر در شکل 21 به تصویر کشیده شده است.

شکل 21- قاب text در پنجره ی گفتگوی Display Format​
این قاب امکان مشخص نمودن جنبه های گوناگون برچسب متنی اتم ها را می دهد.


منوی Font File به شما امکان می دهد از بین چندین فونت که در گاوس ویوو مهیا شده است یکی را انتخاب کنید. بخش Size اندازه ی نسبی فونت را مشخص می کند: با بزرگ و کوچک کردن مولکول با روش زوم کردن اندازه ی برچسب ها هم تغییر می کند.


Add و Synchronize کردن نماها :

View=>Add View و کلید Add View برای افزودن یک پنجره ی نمای جدید به مدل جاری استفاده می شود. این نما به طور مستقل قابل تنظیم است و با تنظیم های پیش فرض آغاز می شود ( نه آن تنظیم هایی که برای پنجره ی جاری به کار گرفته شده است ).

مورد منوی View=>Synchronize می تواند برای اتصال نمای مشخصی از یک مدل نسبت به کارکرد ماوس استفاده شود: چرخش، جابجایی، زوم کردن و غیره. باید این مورد را برای هر پنجره نمایی که می خواهید منطبق با ماوس باشد انتخاب کنید. دقت کنید که synchronization دیگر انتخاب های نمایش را تحت تاثیر قرار نمی دهد و نماها به طور خودکار نسبت به تغییرهای ساختاری منطبق می شوند.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
انتخاب پنجره نماها

انتخاب پنجره نماها

منوی Windows شامل مواردی است که پنجره نماهای باز و یا قابل دیدن را کنترل می کند. اگر مورد مربوطه در زیرمنوی Windows=>Show Molecule Groups علامت خورده یا بدون علامت باشد تمام پنجره نماها و پنجره گفتگوهای مربوطه ی یک گروه مولکولی می توانند ناپدید یا قابل دیدن شوند.
پنجره نماهای جداگانه می توانند مخفی یا قابل دیدن باشند اگر که مورد مربوطه در پایین منوی پنجره ی اصلی مورد استفاده قرار بگیرد. با انتخاب هر پنجره آن را در نمای فعال قرار می دهید. دقت کنید که پنهان کردن پنجره همان بستن آن نیست و تنها برای مدیریت فضای موجود در صفحه مفید است. ضمنا این کار با کوچک کردن یک پنجره طوری که هیچ آیکونی برای پنجره ی مخفی دیده نمی شود در حالی که پنجره ی کوچک شده دارد متفاوت است.


موارد All و None در زیرمنوی Windows=>Show Molecule Groups برای تمام گروه مدل ها پنجره ها را ( به ترتیب ) نمایش می دهد یا پنهان می کند. مورد منوی مربوطه ی Windows=>Restore All تمام پنجره های کوچک شده ( اما نه مخفی شده را ) باز می کند.


موارد Windows=>Close و Windows=>Close All پنجره ی فعال را یا تمام پنجره نماها را به ترتیب می بندد.
مورد Windows=>Previous و Windows=>Next ( کلیدهای با کارکرد مشابه Previous و Next ) در یک ردیف پنجره، پنجره ی قبلی یا بعدی را فعال می کند.
سرانجام موارد منوی Windows=>Cascade و Windows=>Tile ( و کلیدهای با کارکرد مشابه Cascade و Tile ) تمام پنجره ها را به صورت انباشته یا با تنظیم اندازه ی دوباره نشان می دهد که در نتیجه همزمان بیشترین تعداد آنها ( یا اگر ممکن بود تمام آنها ) قابل دیدن باشد.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
کارکردن با مولکول ها و گروه های مولکولی

کارکردن با مولکول ها و گروه های مولکولی

در این بخش عملیات دستی مربوط به مدل/گروه های مولکولی را مورد بحث قرار می دهیم.

چسباندن مولکول ها در یک پنجره نما

موارد منوی Edit=>Cut و Edit=>Copy و نیز کلیدهای با کارکرد مشابه Cut و Copy می تواند برای بریدن یا چسباندن یک ساختار کامل از/به مدل جاری در کلیپ بورد استفاده شود. دقت کنید که در این حالت انتخاب اتم خاصی را در مدل نداریم.
مورد منوی Edit=>Delete و کلید با کارکرد مشابه Delete
می تواند برای حذف ساختار در مدل جاری و از بین بردن آن بدون کپی کردن آن در جایی استفاده شود.



گزینه های بسیاری برای چسباندن مولکول ها از کلیپ بورد هست. مورد منوی Edit=>Paste
به یک منوی کرکره ای دسترسی می دهد که سه مورد در آن دیده می شود. این موارد با کلیک کردن روی مثلث کوچک سمت چپ در کلید Paste نیز قابل دسترسی است. با کلیک کردن روی خود آیکون Paste ( جایی که مثلث کوچک قرار ندارد ) مورد Replace Molecule را انتخاب می کند.



موارد روی زیرمنوی Paste به شرح زیرند:
• Edit=>Paste=>Replace Molecule : ساختار موجود در پنجره ی فعال را برمی دارد و به جای آن ساختاری را که روی کلیپ بورد هست می گذارد.
• Edit=>Paste=>Append Molecule : مولکول روی کلیپ بورد را به مدل فعال به صورت یک بخش جداگانه می افزاید.
• Edit=>Paste=>Add to Molecule Group : یک مدل جدید را در گروه مولکولی جدید ایجاد می کند و ساختار روی کلیپ بورد را در آن می گذارد.



افزودن یک مدل


مورد منوی File=>New
به منوی کرکره ای که دو مورد دارد دسترسی می دهد. این موارد هم از راه مثلث کوچک سمت راست کلید New قابل دسترسی هستند. با کلیک کردن بر خود آیکون New ( جایی که مثلث کوچک قرار ندارد ) مورد Create MolGroup را انتخاب می کند.

موارد روی زیرمنوی New به شرح زیرند:
• File=>New=>Create MolGroup : پنجره نمای جدیدی برای این مدل در یک گروه مولکولی جدید ایجاد می کند.
• File=>New=>Add to MolGroup : پنجره ی نمای جدیدی برای یک مدل اضافی در گروه مدل جاری ایجاد می کند.

در هر دو مورد گفته شده پنجره نمای جدید ابتدا خالی است.


بازکردن مدل های موجود و دیگر فایل ها


در این بخش ویژگی هایی از گاوس ویوو را مورد توجه قرار می دهیم که فایل های مدل و دیگر انواع ورودی های ویژه ی مولکولی را ( مانند فایل های PDB و فایل های ورودی گاوسین ) باز می ند.

بازکردن فایل ها

مسیر منوی File=>Open و کلید Open پنجره ی گفتگوی Open File را باز می کند. فرمت این پنجره ی گفتگو همان شکل اصلی خودش را برای سیستم عامل رایانه دارد که بعضی بخش های بیشتر ویژه ی گاوس ویوو را هم دارد که در شکل 22 نشان داده شده اند.



شکل 22- بخش های موجود در پنجره ی گفتگوی Open File گاوس ویوو
گاوس ویوو به پنجره ی گفتگوی استانداردی که سیستم عامل مهیا می کند، سه بخش و یک چک باکس اضافه می کند.


این موارد اضافی مفهوم های زیر را دارند. منوی کرکره ای Files of Type برای انتخاب نوع فایلی که باز می شود کاربرد دارد. این مورد همچنین به عنوان یک فیلتر که انتخاب می کند کدام فایل ها در فهرست فایل پنجره ی گفتگو نشان داده شوند کارکرد دارد. فهرست فایل ها به فایل هایی که پسوند آنها انتخاب شده است محدود می شود. فایل هایی که با گاوس ویوو قابل بازکردن هستند به شرح زیرند:
• فایل های روردی گاوسین (.com یا .gjf )
• فایل های Cube ( .cub )
• فایل های Checkpoint گاوسین (.chk )
• فایل های Checkpoint فرمت شده ی گاوسین (.fch* )
• فایل های PDB بروک هاون (.pdb یا .ent )
• فایل های MDL Mol (.mol)
• فایل های Mol2ی سیبل (.mol2 یا .ml2 )
• فایل های CIF (.cif )



اگر مورد All Files انتخاب شود تمام فایل های موجود نمایش داده می شوند.

منوی کرکره ای Open یک فایل ورودی را به صورت نوع فایل ویژه ای که ما تعیین می کنیم باز می کند بدون توجه به این که پسوند فایلی که باز می کنیم چه بوده است. تمام انواع فایل هایی که قابل بازشدن هستند به جز فایل های cube گاوسین به عنوان موارد قابل گزینش موجود هستند. مورد پیش فرض، Auto است که فقط فایل را با پسوند خودش شناسایی می کند.

منوی کرکره ای Target تعیین می کند که کجا این ساختار خوانده شونده باید قرار داده شود:
• Separate new molecule group for each file : یک گروه جدید تک عضوی برای هر فایلی که خوانده می شود باز می کند که این مورد پیش فرض است.
• Single new molecule group for all files : یک گروه مولکولی جدید می سازد و هر فایل را یک مدل در آن قرار می دهد. اما هنگامی که یک فایل را باز می کنید مانند مورد پیشین عمل می کند.
• Append all files to active molecule : ساختار(ها) را از تمام فایل های باز شده در مدل جاری قرار می دهد. این مورد وقتی قطعه های اضافی به مدل افزوده می شود نتیجه می گردد.
• Add all files to active molecule group : هر فایل را به صورت یک مدل جداگانه ی جدید در گروه مولکولی جاری اضافه می کند.


در حالت کلی تنها اولین ساختار موجود در یک فایل، ورودی است. بنابراین تنها فقط ساختار اولین مرحله در محاسبه ی گاوسین قابل بازیابی است. اما اگر ( تنها در بهینه سازی ها ) چک باکس Read intermediate geometries در پایین پنجره ی Open Files علامت زده شود موجب آن می شود که گاوس ویوو تمام ساختارهای فضایی را که در بعضی خروجی های گاوسین هست به صورت مدل های جداگانه با کمک منوی کرکره ای target طراحی شده بازیابی کند.

این چک باکس برای نتایج فایل های بهینه سازی ساختارها، IRC، محاسبات مسیر ADMP و BOMD و اسکن سطوح انرژی پتانسیل؛ یعنی تمام محاسباتی که یک جزء بهینه سازی دارند به کار می رود. این برای برای گزینه ی Append all files to active molecule معتبر نیست.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
دیدن فایل های ورودی Input

دیدن فایل های ورودی Input

با فشردن کلید View File
یا انتخاب مورد منوی Results=>View فایلی را باز می کند که برای مدل جاری باز شده است و به این منظور که به هر ترتیب، مولکول به این دلیل که باز شده است به لحاظ ساختاری تصحیح نشده است. در مورد فایل های دوتایی ( binary ) مانند فایل های checkpoint گاوسین، فایل نمایش داده شده آن فایلی خواهد بود که به طور خودکار با ابزار formchk گاوس ویوو ساخته شده است.





دسترسی به فایل هایی که اخیرا آنها را باز کرده ایم (Recent Files)


مسیر منوی File=>Recent Files دربردارنده ی فهرست فایل هایی است که اخیرا در رایانه ی خود با گاوس ویوو باز نموده اید. می توانید شمار بیشینه ی فایل هایی را که این فهرست دارد با Maximum Recent Files در File/Directory preferences مشخص کنید. اما با استفاده از این راه های میانبر همیشه تنها یک ساختار فضایی تکی در یک گروه مدل جدید بدون توجه به تنظیمات جاری در پنجره ی گفتگوی Open File یا با روشی که برای بازکردن فایل در قبل استفاده شد باز می شود. این فهرست فایل در هر بار باز کردن گاوس ویوو در برنامه ذخیره می شود.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
چاپ کردن فایل های بازشده

چاپ کردن فایل های بازشده

تصویر موجود در پنجره نمای فعال را می توان با مسیر منوی File=>Print یا کلیک بر روی دکمه ی print چاپ کرد. سیستم عادی پنجره ی گفتگوی Print در زیر نشان داده شده است. خروجی print با تنظیم های موجود در Printing preferences که در شکل 23 نشان داده شده است کنترل می شود.



شکل 23- پنجره ی تنظیمات Printing Preferences در گاوس ویوو

این قاب به شما امکان می دهد که مشخص کنید تصویرهای چاپ شده همیشه به آن اندازه ای بزرگ شوند که با میزان تفکیک resulotion ( با مقدار Maximum در Limit Enlargements ) تعیین می شود و/یا اینکه تصویرهای چاپ شده همیشه با پس زمینه ی سفید ( یا پس زمینه مورد استفاده در پنجره نما ) چاپ شوند.


تنظیم های پیش فرض print اندازه ی تصویر را طوری بزرگ می کند که با میزان تفکیک چاپگر همخوانی داشته باشد و تا مقدار بیشنه ی 4 قابل تنظیم است و تصویر را با پس زمینه ی سفید چاپ می کند. توجه کنید که تصویر همیشه در اندازه ی جاری اش چاپ می شود. اگر بخواهید که تصویر را بزرگ کنید ابتدا آن را به صورت یک فایل عکس ذخیره کنید ( زیربخش بعدی را بخوانید ).

توجه کنید که تصویرهای چاپ شده با تنظیم های Object Quality و Generic Pixel Format در قاب Image Capture preferences ( که مقداری توضیح داده خواهد شد ) تعیین می شوند.

تبدیل ساختارها به فایل عکس و ذخیره ی این فایل ها
مسیر منوی Edit=>Capture Image می تواند برای تبدیل ساختارها به فایل عکس در پنجره ی نمای جاری با کپی کردن ساختار در کلیپ بورد سیستم ( که از آنجا به کارکرد دیگری چسبانده می شود ) به کار رود.
با مورد منوی File=>Save Image و کلید Save Image می توانید یک تصویر را در یک فایل خارجی ذخیره کند. در گاوس ویوو از پنجره ی Save سیستم همراه با بخش های اضافی که در شکل 24 نشان داده شده است استفاده می شود.
بخش Files of type مثل همیشه مانند یک فیلتر برای تعیین اینکه چه فایل هایی در فهرست فایل نمایش داده شود است. بخش Save مشخص می کند که چه نوع فایل گرافیکی باید ایجاد شود ( به طور پیش فرض این مورد از روی نوع فایل تعیین می شود ).

انواع فایل های موجود TIFF و JPEG و vector-based EPS و Windows Bitmap و PNG هستند. در حالت کلی پیشنهاد می شود که برای چاپ با کیفیت بالا TIFF را انتخاب کنید و برای نمایش روی وب یا نمایش JPEG و PNG را انتخاب کنید.



شکل 28- بخش های مختلف پنجره ی گفتگوی Save Image در گاوس ویوو

این بخش ها در گاوس ویوو به پنجره ی گفتگو ی Save استاندارد سیستم افزوده شده اند


دیگر بخش های گاوس ویوو در پنجره ی گفتگوی مربوطه مفاهیم زیر را دارند:


• Enlarge Width and Height by : برای افزایش اندازه ی تصویر با مقیاس بندی یکدست برای افزایش اندازه ی فیزیکی آن و/یا تفکیک گرافیکی ( مقدار پیش فرض 3x است ) به کار می رود. اگر که نهایتا بخواهید تصویر را در dpi 300 ( با همین اندازه ی آن ) چاپ بگیرید این بخش را بر روی 4 تنظیم کنید.
همچنین اگر بخواهید اندازه ی تصویر را افزایش بدهید باید از این مورد استفاده کنید. بنابراین برای ذخیره ی تصویر حاضر در dpi 300 با دوبرابر اندازه ی حاضر آن باید از enlargement factor برابر 8 استفاده کنید. دقت کنید که زمان محاسبه برای تحویل با مجذور عامل enlargement facto زیاد می شود.
• White Background : از پس زمینه ی سفید استفاده می کند. اگر این مورد انتخاب نشود از رنگ پس زمینه ی پنجره ی نما، برای پس زمینه ی عکس استفاده می شود.
• Use Gray Scale : پیش از ذخیره، تصویر را gray scale ( سیاه-سفید ) می کند.



هم تصویرسازی از ساختار و هم ذخیره ی تصویر تحت تاثیر تنظیمات Image Capture preferences که در شکل 25 نشان داده اند قرار دارند. تصویرهای چاپ شده نیز تحت تاثیر تنظیمات Object Quality و Generic Pixel Format قرار دارند.

بخش های موجود در این قاب مفهوم های زیر را دارند:
• Object Quality : کیفیت تصویر را مشخص می کند. حرکت دادن لغزنده به سوی انتهای Realistic مقیاس اندازه ی فایل و زمان لازم برای تولید فایل را زیاد می کند.
• Enlarge Width and Height by : scaling factor : پیش فرض تصویر را تنظیم می کند ( مانند بالا ).
• White Background : از پس زمینه ی سفید استفاده می کند ( پیش فرض ). اگر علامت زده نشود از پس زمینه ی خود پنجره نما استفاده می شود.
• Generic Pixel Format : از نرم افزار تبدیل کننده ی سیستم استفاده می کند. این مورد تنها هنگامی انتخاب می شود که هنگام تبدیل یا چاپ تصویر مشکل یا خطا پیش بیاید.
• Use Gray Scale : پیش از تبدیل تصویر را سیاه-سفید می کند. پیش فرض ذخیره ی تصویر، رنگی است.



شکل 25- قاب Image Capture Preferences
این قاب برای تنظیم پیش فرض ها جهت ساحتن تصویر از ساختار مولکولی است.
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
ذخیره ی مولکول ها

ذخیره ی مولکول ها

مورد منوی File=>Save و کلید Save به شما امکان می دهد که مدل جاری را به یک فایل خارجی یا مجموعه ای از فایل ها ذخیره کند. این موارد از پنجره ی گفتگوی Save سیستم استفاده می کند که گاوس ویوو به آن چند بخش بیشتر اضافه می کند ( شکل 26 را ببینید ).



شکل 26- بخش های گاوس ویوو در پنجره ی گفتگوی Save File

گاوس ویوو به پنجره ی گفتگوی استاندارد Save سیستم چند بخش می افزاید. مولکول ها را می توان با چندین فرمت ذخیره کرد: فایل ورودی گاوسین، فرمت فایل MDL Mol و فرمت فایل Sybyl Mol2



این بخش ها مفهوم های زیر را دارند:
• Files of type : مانند یک صافی عمل می کند و تعیین می کند کدام فایل ها در فهرست فایل پنجره ی گفتگوی نمایش داده شوند.
• Save as : فایل را به صورت نوع انتخاب شده ذخیره می کند، بدون توجه به نوع فایل منتسب شده به آن. پیش فرض Auto است که فرمت فایل ذخیره شده همان فرمت فایل خودش است.
• Write Cartesian Coordinates : اگر این قسمت را علامت بزنید ساختار مولکولی به صورت مختصات دکارتی در فایل ذخیره شده نوشته می شود. پیش فرض z-matrix است.
• Append Extra Input Data : این کنترل برای مدل هایی که در شکل فایل های ورودی گاوسین نوشته شده است فعال است. اگر ورودی اضافی در فایل باشد، علامت زدن این مورد موجب می شود که در فایل خروجی هم دیده شود.
• Create New Molecule Group : اگر این مورد انتخاب شود گاوس ویوو یک گروه مولکولی جدید ایجاد می کند که شامل مولکول ذخیره شده است.


گوشزد: در یک گروه مولکولی، مدل جاری ذخیره می شود. هیچ راهی نیست که تمام مدل ها از بین یک گروه مولکولی در یک فایل تنها یا یک گروه فایل در نسخه ی موجود گاوس ویوو ذخیره کرد.
 

TOM-CAT

عضو جدید
کاربر ممتاز
واقعا دست آقا پوریا درد نکنه که همیشه گل میکاره و با زحمتاش همیشه ماهارو رو شرمنده میکنه...
بسیار مچکریم به خاطره مطالب با ارزشی که گذاشتید .....
ممنون
سپاس فراوان
خسته نباشید دلاور
خدا قوت........
 

~Alchemist~

مدیر بازنشسته
کاربر ممتاز
واقعا دست آقا پوریا درد نکنه که همیشه گل میکاره و با زحمتاش همیشه ماهارو رو شرمنده میکنه...
بسیار مچکریم به خاطره مطالب با ارزشی که گذاشتید .....
ممنون
سپاس فراوان
خسته نباشید دلاور
خدا قوت........
آره واقعا
پوریا اینجا پوریا اونجا پوریا همه جا ;) ممنون مهندس
 

P O U R I A

مدیر مهندسی شیمی مدیر تالار گفتگوی آزاد
مدیر تالار
واقعا دست آقا پوریا درد نکنه که همیشه گل میکاره و با زحمتاش همیشه ماهارو رو شرمنده میکنه...
بسیار مچکریم به خاطره مطالب با ارزشی که گذاشتید .....
ممنون
سپاس فراوان
خسته نباشید دلاور
خدا قوت........

آره واقعا
پوریا اینجا پوریا اونجا پوریا همه جا ;) ممنون مهندس
لطف دارید بچه ها ...
هر چی دارم از رفقای خوبی مثل شما دارم ...
فدای همتون !! مرسی.
 

Vahidrezaii

کاربر فعال تالار اسلام و قرآن ,
کاربر ممتاز
سلام.ممنونم خیلی مفید و کار راه انداز بود
 

ATM20

عضو جدید
سلام وقتتون بخیر.
مهندس جان من دکمه submit محاسباتم فعال نمیشه نمیدونم مشکل کجاست ممکنه راهنماییم کنید چطوری گوسین و گوس ویو رو لینک کنم متشکرم
 

latyfeh

عضو جدید
با سلام توی نرم افزار گوسویو درباره توزیع بار روی یک اتم در ملکول و توزیع بار روی کل ملکول اشکال داشتم.فیلمی در این مورد میخواستم.که به طور کامل توضیح داده باشد.
 
بالا