نشانگرهای مولکولی

[sun_girl]

جداسازي ريزماهواره‌ها

جداسازي ريزماهواره‌ها

بدون شك يكي از معايب نشانگرهاي ريزماهواره شناسايي و جداسازي آنهاست كه كاري بسيار وقت‌گير و پرهزينه است. با وجود اين مشكلات، به دليل مزاياي فراوان اين دسته از نشانگرها و مقبوليت روزافزون آنها، دانشمندان اقدام به شناسايي و جداسازي ريزماهواره‌ها هر گونه‌اي كه لازم باشد مي‌كنند، از این رو روشهاي مختلفي براي جداسازي ريزماهواره‌ها ابداع شده است (Zane, 2002).
نشانگرهای ریزماهواره ای گندم در سال 1995 و 1998 توسط رودر و همکاران تهیه شد 1998a) و (Roder, 1995در سال 2002، گوپتا و همکاران 66 نشانگر ریزماهواره جدید به نقشه ژنتیکی گندم اضافه کردند (Gupta et al. 2002).

 

[sun_girl]

کاربردهای ریزماهواره ها

کاربردهای ریزماهواره ها

نشانگرهای SSR مطالعات رده بندی، بررسی تنوع ژنتیکی و ترکیب نقشه های لینکاژی گونه های مختلف (NakaoKubo, 2008) و بررسی تکامل موجودات کاربردهای فراوانی دارند (Varshney and Tuberosa, 2007 ).
دستاوردهای مطالعات ژنتیک در دهه های گذشته در پاسخگویی به سؤالات اکولوژی بسیار سودمند و گسترده بودند. ریزماهواره ها از یکی از مهمترین نشانگرها به شمار می آیند، زیرا دارای پتانسیل تخمین مهاجرت، قدرت تفکیک برای تشخیص نسبت بالای خویشاوندی می باشند(Kimberly et al. 2006).
این نشانگرها بعلت تنوع پذیری بالایی که دارند بعنوان نشانگر مولکولی توانمند، کاربردهای فراوانی در مباحثی چون ژنتیک جمعیت ها، حفظ منابع طبیعی و مدیریت منابع بیولوژیکی دارند (Zane, 2002) .
این نشانگرها برای مطالعات ژنتیک جمعیت پیشرفته به منظور یافتن ساختار ژنتیک جمعیت، تست روابط نسبی و غیرنسبی و مطالعه تاریخچه جمعیت معرفی می شوند ( Zhangh, 2003 ).
نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در حال تبدیل به ابزار مهمی برای محدوده وسیعی از کاربردها نظیر مطالعات نقشه ژنوم و بررسی تنوع ژنتیکی (Jewell, 2006)و بررسی پیوستگی نشانگرهای مولکولی با ژن های صفات اقتصادی بکار می روند (Galaev, 2006) .

 

[sun_girl]

منابع

منابع

Galaev A. V., L. T. babayants and Yu. M. Sivolap. (2006). DNA-markers for Resistance to Common Bunt Transferred from Aegilops cylindrica Host. to Hexaploid Wheat. Czech J. Genet. Plant Breed., 42, , 62-65.

Goldstein, D. a. (1998). Microsatellite : Evolution and Application . Oxfod university press.
Gupta, P. K. (2002). Genetic mapping of 66 new microsatellite (SSR) loci in bread wheat. Theor. Appl. Genet. , 105:413-422.

Jewell E., A. R. (2006). SSRPrimer and SSR Taxonomy Tree: Biome SSR discovery. Nucleic Acids Research. Vol. 34. Web Server issue , 656-659.

Kimberly A. Selkoe and Robert J. Toonen. (2006). Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. Ecology Letters. 9 , 615–629.

Nakao Kubo, M. H. (2008). Development and characterization of simple sequence repeat (SSR) markers in the. Aquatic Botany , 2164-2168.

Roder, M. S., Korzun, V., Wendehake, K., Plaschke, J., Tixier, M. H., Leroy, P. and Genal, M. W. . (1998). A microsatellite map of wheat. Genetice. 149 , 2007-2023.

Schloterer, C. (2000). Evolutionary dynamics of microsatellite DNA. Choromosoma. 109 , 363-371.

Semagn, k. Bjørnstad, A. and Ndjiondjop M. N. (2006). An overview of molecular marker methods for plants. African Journal of Biotechnology Vol. 5 (25) pp. , 2540-2568.

Varshney, R.K. and R. Tuberosa. (2007). Genomics-Assisted Crop Improvement:Vol. 1: Genomics Approaches and Platforms. Springer.

Zane, L., Borgelloni,L and Patariollo,T. (2002). Strategies for microsatellite isolation: a review. Molecular Ecology.11 , 1-16.

Zhangh De-Xing and Godfry M.H. (2003). Nuclear DNA analyses in genetic studies of populationsractice, problems and prospects. Molecular Ecology.12 , 563-584.​

 

[masood98]

با سلام خدمت شما

سوالی در ذهنم هست که کمی گیجم کرده!!
همان طور که می دونید نشانگرها را میشه به سه دسته تقسیم کرد که یکی از اینها مولکولی اندکه اینها تفاوتشان مبتنی بر چند شکلی های طبیعی در دی ان ای می باشد.حال این سوال مطرح است که درنشانگر مولکولی rapdچه تفاوتهایی در دی ان ای وجود دارد که در نشانگر مولکولی aflp ویا ...نیست ویا بالعکس که باعث تفاوت در این نشانگرها نسبت به هم می شود.ممنون میشم.

 

[mahdya]

با سلام خدمت شما

سوالی در ذهنم هست که کمی گیجم کرده!!
همان طور که می دونید نشانگرها را میشه به سه دسته تقسیم کرد که یکی از اینها مولکولی اندکه اینها تفاوتشان مبتنی بر چند شکلی های طبیعی در دی ان ای می باشد.حال این سوال مطرح است که درنشانگر مولکولی rapdچه تفاوتهایی در دی ان ای وجود دارد که در نشانگر مولکولی aflp ویا ...نیست ویا بالعکس که باعث تفاوت در این نشانگرها نسبت به هم می شود.ممنون میشم.

فکر می کنم تفاوت رپید اینه که احتیاجی به دونستن توالی قسمت هایی از dna که قراره ازشون پرایمر طراحی بشه نیست
تو این روش پرایمرها از قبل ساخته می شن وموقع استفاده به قسمتایی که مکمل اونان متصل می شن

 

[masood98]

فکر می کنم تفاوت رپید اینه که احتیاجی به دونستن توالی قسمت هایی از dna که قراره ازشون پرایمر طراحی بشه نیست
تو این روش پرایمرها از قبل ساخته می شن وموقع استفاده به قسمتایی که مکمل اونان متصل می شن

ممنونم از پاسختون ولی من قانع نشدم به عبارتی گیج تر شدم .سوال رو واضح تر بگم:آیا تفاوت نشانگر ها در روش کارشونه یا در چیز دیگه مثلا در نوع نوکلئوتیدی که برش میدن یا نوع وتعداد نوکلئوتیدی که برش میدنههههههههههه!

 

[المیرا90]

ممنونم از پاسختون ولی من قانع نشدم به عبارتی گیج تر شدم .سوال رو واضح تر بگم:آیا تفاوت نشانگر ها در روش کارشونه یا در چیز دیگه مثلا در نوع نوکلئوتیدی که برش میدن یا نوع وتعداد نوکلئوتیدی که برش میدنههههههههههه!

با اجازه من جواب میدم
بله نشانگرها توی تمام مواردی که شما گفتین با هم فرق دارن! بسته به نوع شرایط فعالیت خودشون و توالی رشته DNA هستن، که عکس العمل نشون میدن

 

[رزبانو]

مارکرهای مولکولی

مارکرهای مولکولی

مشاهده پیوست pd195.doc

 

[آیورودا]

نشانگرهای ژنتیکی اصلاح نباتات

نشانگرهای ژنتیکی اصلاح نباتات

نشانگرهای ژنتیکی و کاربرد آنها در اصلاح نباتات:

به طور کلی هر صفتی که بین افراد متفاوت باشد، ناشی از تفاوت موجود بین ردیف DNAی کرومزوم­های آن­هاست که به نتاج نیز منتقل می­ شود.حتی صفاتی که تحت تأثیر شرایط محیط نیز به صورت متفاوت بروز می­ کنند،­بازتاب تفاوت­های موجود در ردیف­های DNA هستند. این تفاوت­ها می­توانند به­ عنوان نشانه (نشانگر) ژنتیک به کار گرفته شوند که ممکن است به طرق مختلفی تظاهر یابند.برخی از این تفاوتها در صفات قابل رؤیتی مانند رنگ گل،وجود یا عدم وجود ریشک در گل­چه غلات یا صاف و چروک بودن سطح دانه­ های نخود فرنگی در آزمایش­های مندل که ناشی از لینکاژ ژنی است تجلی می­ کنند.
برخی از این تفاوت­های موجود در ردیفDNA بین دو موجود ممکن است به صورت پروتئین­هایی با اندازه­ های متفاوت تجلی کنند که به روش­ های مختلف بیوشیمیایی قابل ثبت، رؤیت و مطالعه می­ شوند. این قبیل نشانگرها را " نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین"(نشانگرهای بیوشیمیایی) می­ نامند که از آن جمله می­ توان به سیستم"آیزوزایم/آلوزایم"اشاره کرد. دسته ای دیگر از تفاوت­های موجود در سطح DNA هیچ تظاهری ندارند، نه صفت خاصی را کنترل می­ کنند و نه در ردیف اسیدهای آمینه­ ی پروتئین،تأثیری بر جای می­ گذارند. در این دسته از تفاوت­ ها را می­ توان با روش­ های مختلف شناسایی، مشاهده و ردیابی کرد و به عنوان نشانگر مورد استفاده قرار داد.این نشانگرها که تعدادشان تقریباً نامحدود است، فقط از راه تجزیه و تحلیل مستقیم DNA قابل ثیت و بررسی هستند و بنابراین به آنها"نشانگرهای ملکولی در سطحDNA" گفته می­ شود.به طور کلی، برای آن­که صفتی به عنوان نشانگر ژنتیک مورد استفاده قرار گیرد،باید دست کم دو ویژگی را داشته باشد:1-در بین دو فرد متفاوت باشد(چند شکلی یا پلی­مورفیسم نشان دهد).2-به توارث برسد. بنابراین صفاتی مانند داشتن یا نداشتن ریشک و رنگ گلومل دانه­ی برنج که ممکن است در بین­ دو والد در یک تلاقی متفاوت باشد و به نتاج نیز منتقل می­شود،" نشانگرهای ژنتیک"تلقی می­شود.در مقابل،تعداد دانه در روی خوشه یا ارتفاع درخت چنار که معمولاً در بین نمونه­های مختلف متفاوت هستند،به دلیل اینکه عیناً به نتاج منتقل نمی ­شوند، نمی­ توانند به عنوان نشانگر ژنتیک منظور شوند.تحولی که در زمینه­ ی علوم زیستی و از جمله کشاورزی به نشانگرهای ملکولی نسبت داده می شوند،به دلایل زیر است:1-فراوانی فوق العاده ­ی این دسته از نشانگرها2-عدم تأثیرپذیری آن­ها از شرایط محیطی خارجی و داخلی موجود3-امکان به کارگیری آن­ها در مراحل نخستین رشد گیاهان4-فراهم نمودن امکان مطالعه­ ی گیاهان در خارج از فصل و محل کشت 5-دقت و قابلیت مطلوب تفسیر نتایج6-هم بارز بودن بسیاری از این نشانگرها7- امکان استفاده از آن­ها در مورد گونه های منقرض شده8-سهولت تشخیص افراد خالص از ناخالص9-سهولت امتیازدهی وتجزیه وتحلیل نتایج10-دسترسی به برنامه­ های رایانه ­ای قوی برای تجزیه و تحلیل و تفسیر نتایج انواع نشانگرهای ژنتیک:شاید قدیمی­ترین ابزاری که در سال­های اخیر جهت بررسی تفصیلی گیاهان عالی به ­وجود آمده­ است،نشانگرهایDNA است. به طور کلی نشانگرهای ژنتیکی به انواع زیر تقسیم می­ شوند:1-مورفولوژیک 2-پروتئینی 3-مولکولی(DNA و RNA)تاکنون تعداد زیادی از نشانگرهایDNA معرفی شده ­اند و در تجزیه­ های ژنتیک موجودات مورد استفاده قرار گرفته ­اند.از ویژگی­های خوب آن­ها موارد زیر قابل ذکر است:1-درجه ی بالای چندشکلی(پلی­مورفیسم)2-غالب یا هم­بارز بودن3-تعداد زیاد جایگا­ه­ های تجزیه شده در هر آزمایش4-توزیع کامل در سطح کرومزوم5-داشتن تکرارپذیری6-نیاز یا عدم نیاز به توالی یابیDNA الگو7-هزینه.
در اوایل دهه­ ی(1980 .م)"بوتستین" و همکارانشRFLP راکشف کردند که پیامد منطقی کشف آنزیم­ های برشی بودکه هنوز هم از قدیمی­ترین و معتبرترین نشانگرهای DNA است. کشفPCR نیز باعث ابداع نشانگرهای مبتنی بر PCR شده­است و تعدادشان در حال ازدیاد است. نشانگرهایDNA سیر تحول و تکامل را هنوز به تکامل نرسانده ­اند و ابداع و معرفی روش­های متنوع و جدیدتری از آن­ها، همچنان ادامه دارد.​

 

[anahita panji]

?

?

در صورت امکان به مزایای مارکرهای مولکولی هم اشاره فرمایید

 

[anahita panji]

?

?

پیدا کردن تنوع بین موجودات با مارکر میتونه چه اهدافی رو پوشش بده؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟