متابوليت هاي ثانويه گياهي، تركيباتي آلي هستند كه مستقيما در رشد، نمو يا توليد مثل گياه دخيل نيستند. اين تركيبات داراي ساختار شيميايي پيچيده تري نسبت به متابوليت هاي اوليه(مثل اسيدهاي امينه) كه براي بقاء زندگي سلولها ضروري اند مي باشند. آلكالوئيد ها(مورفين، كدئين، آتروپين)، ترپنوئيدها، فلاوونوئيدها، رنگيزه هاو تانن هااز جمله مهم ترين اين تركيبات هستند. سلولهاي گياهي مقادير متنوعي از اين فرآورده ها را توليد مي كنند. بسياري از اين تركيبات سمي هستند و اغلب در وزيكولهاي خاص يا واكوئول ها ذخيره مي شوند. اين نوع ذخيره سازي از يك طرف نوعي سميت زدايي براي گياه است واز طرف ديگر نوعي مخزن ذخيره براي موادي نظير مولكولهاي غني از نيتروژن است. اگر چه متابوليت هاي ثانويه گياهي بسيار رايج هستند، اما هر گياهي قادر به توليد هر نوع تركيب ثانويه اي نيست و برخي تركيبات نيز تنها منحصر و محدود به گونه خاصي هستند. اهميت متابوليت هاي ثانويه براي گياهان از ماهيتي اكولوژيك برخوردار است واين تركيبات نيز داراي كاركردهاي متنوعي اند كه از آن جمله مي توان به عملكرد دفاعي در برابر صيادان، انگلها و عوامل بيماريزا، فيتو الكسين ها(سموم گياهي) در هنگام ابتلاء به قارچ جهت جلوگيري از گسترش ميسليوم قارچ در گياه، رقابت هاي بين گونه اي ، يا تسهيل فرآيندهاي توليد مثلي (مثل توليد بوهاي جاذب و يا مواد رنگي) ويا ايجاد ارتباط با گرده افشانها اشاره كرد. برخي از تركيبات ثانويه در گياهان داراي عملكردsignalling هستند كه در اين ميان هورمونهاي گياهي جايگاه ويژه اي دارند.
