روش اسپکتروسکوپی رزونانس مغناطیسی هسته ای(NMR)
هسته ای بسیاری از اتم ها به طور ذاتی داری مغناطیس می باشند.زمانی این هسته ها در معرض یک میدان مغناطیسی قوی تری قرار می گیرند،شبیه مغناطیس های با بار کوچک عمل کرده و خود را در میدان مغناطیسی مرتب می نمایند.در مرحله ای بعد اگر انها با جریانی از امواج رادیویی تحریک شوند،این هسته ها در اطراف محور های مغناطیسی خود به حرکت در امده و سپس به موقعیت اولیه ی خود باز می گردند و پیامی را ایجاد می کنند که از ان برای تعیین موقعیت نسبی شان در پروتئین استفاده می شود .
پژوهشگران با استفاده از این تکنیک به سختی توانسته اند هزاران ساختار پروتئینی را به هم ارتباط دهند.ان ها با کمک از برنامه های گرافیکی کامپیوتری توانسته اند ساختار درون این پرتئین ها را روشن کنند و گوشه ها یا مکان های را که ATPتمایل به اتصال به آن دارد را از این طریق کشف کرده و در ضمن حلقه ها یا مارپیچ هایی را که پرتئین از انها برای نگه داشتن یک مولکول ویا پیچیدن در اطراف قطعه ای از DNAاستفاده می کند، را بررسی کنند.
روش کریستالوگرافی اشعه X
برای تعیین ساختار پروتئین با استفاده از کریستالوگرافی اشعه X ابتدا باید پروتئین را به صورت بلور تهیه نمود ؛ارایشی بزرگ و کاملا منظم از پروتئین خالص که در ان به شکل فضایی تمامی مولکول های پروتئینی یه یک صورت است و هر مولکولی کاملا با سایر مولکول های مجاور خود هم ردیف است.ایجادچنین بلورهای پروتئینی با کیفیت بالا هنوز به عنوان یک هنر مطرح است و تا حد زیادی به صورت ازمون و خطا می توان به این بلورها رسید و شرایط مناسبی از حلال را باید برای آن انتخاب کرد .سال های زیادی وقت لازم است تا این شرایط مناسب فراهم شود .از طرفی ،برخی پروتئین ها در برابر تشکیل بلور مقاومت می کنند.
حال با داشتن بلورهای مناسب می توان برای بررسی انها با اشعه ی Xاقدام نمود.وقتی که یک اشعه ی باریک از پرتو X به بلور پروتئین تابیده می شود، اتم های موجود درپروتئین موجب پراکندگی پرتو X تابیده شده می گردند.این امواج پراکنده شده در هم تداخل کرده و همدیگر را تقویت یا تضعیف می کنند و یک الگوی پراکنش پیچیده بر روی اشکار ساز ایجاد می کنند.موقعیت وشدت هر نقطه در الگوی پراکنش ،حاوی اطلاعاتی در مورد نحوه ی قرار گیری اتم ها در بلور پروتئین است.
هسته ای بسیاری از اتم ها به طور ذاتی داری مغناطیس می باشند.زمانی این هسته ها در معرض یک میدان مغناطیسی قوی تری قرار می گیرند،شبیه مغناطیس های با بار کوچک عمل کرده و خود را در میدان مغناطیسی مرتب می نمایند.در مرحله ای بعد اگر انها با جریانی از امواج رادیویی تحریک شوند،این هسته ها در اطراف محور های مغناطیسی خود به حرکت در امده و سپس به موقعیت اولیه ی خود باز می گردند و پیامی را ایجاد می کنند که از ان برای تعیین موقعیت نسبی شان در پروتئین استفاده می شود .
پژوهشگران با استفاده از این تکنیک به سختی توانسته اند هزاران ساختار پروتئینی را به هم ارتباط دهند.ان ها با کمک از برنامه های گرافیکی کامپیوتری توانسته اند ساختار درون این پرتئین ها را روشن کنند و گوشه ها یا مکان های را که ATPتمایل به اتصال به آن دارد را از این طریق کشف کرده و در ضمن حلقه ها یا مارپیچ هایی را که پرتئین از انها برای نگه داشتن یک مولکول ویا پیچیدن در اطراف قطعه ای از DNAاستفاده می کند، را بررسی کنند.
روش کریستالوگرافی اشعه X
برای تعیین ساختار پروتئین با استفاده از کریستالوگرافی اشعه X ابتدا باید پروتئین را به صورت بلور تهیه نمود ؛ارایشی بزرگ و کاملا منظم از پروتئین خالص که در ان به شکل فضایی تمامی مولکول های پروتئینی یه یک صورت است و هر مولکولی کاملا با سایر مولکول های مجاور خود هم ردیف است.ایجادچنین بلورهای پروتئینی با کیفیت بالا هنوز به عنوان یک هنر مطرح است و تا حد زیادی به صورت ازمون و خطا می توان به این بلورها رسید و شرایط مناسبی از حلال را باید برای آن انتخاب کرد .سال های زیادی وقت لازم است تا این شرایط مناسب فراهم شود .از طرفی ،برخی پروتئین ها در برابر تشکیل بلور مقاومت می کنند.
حال با داشتن بلورهای مناسب می توان برای بررسی انها با اشعه ی Xاقدام نمود.وقتی که یک اشعه ی باریک از پرتو X به بلور پروتئین تابیده می شود، اتم های موجود درپروتئین موجب پراکندگی پرتو X تابیده شده می گردند.این امواج پراکنده شده در هم تداخل کرده و همدیگر را تقویت یا تضعیف می کنند و یک الگوی پراکنش پیچیده بر روی اشکار ساز ایجاد می کنند.موقعیت وشدت هر نقطه در الگوی پراکنش ،حاوی اطلاعاتی در مورد نحوه ی قرار گیری اتم ها در بلور پروتئین است.