دانلود نرم افزارهای ژنتیک و مهندسی ژنتیک

["Pejman"]

سلام.
در این تاپیک نرم افزارهای ژنتیک و مهندسی ژنتیک قرار بدیم
​

 

["Pejman"]

Hex نرم افزاری برای داکینگ لیگاند پروتئین

Hex نرم افزاری برای داکینگ لیگاند پروتئین

از این نرم افزار برای ارزیابی برهمکنش بین ماکرومولکول ها و بخصوص داکینگ ماکرومولکول ها استفاده می شود.

​

 

["Pejman"]

Software developed and programmed by Bernd DEGEN

Software developed and programmed by Bernd DEGEN

​

​

Installation of programme SGS
​

Extract the file "p_sgs.zip". You start the setup procedure with double mouse click on the file "setup.exe". Close all other Windows programs before starting the setup. After successful setup the program "Spatial Genetic Software" will be added to your program list.​

Data sets
After installation you will find in the program directory files with examples for each category of analysable data:
- allele frequencies of different populations: "Test_Allele_Frequencies.txt"
- multilocus-genotypes of different individuals: "Test_Multilocus_Genotypes.txt"
- quantitative traits of different individuals: "Test_Quantitative_Trait.txt"
- RAPDs of different individuals: "Test_RAPDs.txt"​

Note: Updated SGS !!!​

Recently two "bugs" have been identified in the program code. They have been fixed in the new version of SGS. The bugs had an impact on the calculation of the genetic distances (Gregorius 1978) among genotypes of individuals and on the number of pairs computed per distance class. I checked for a few data sets the differences between the results with the former and the recent version of the program. For bigger data sets there were only little differences. In the tested cases the expansion of significant spatial structure were not affected but the mean genetic distances became smaller.
​

For users that have already installed SGS, I recommend to download the "SGS_exe.zip" file. After extraction of the zip file you get the file "SGS.exe". You just need to replace the older version of this file by the new one. In most cases this file is located in the directory "Program files/Spatial Genetic Software/".
​

 

["Pejman"]

نرم افزار بلاست

نرم افزار بلاست

​

در بیو انفورماتیک ، BLAST یا ابزار پایه‌ای برای جستجوی تطبیق‌های موضعی یک لگاریتم کاربردی برای مقایسه اطلاعات یا ( سکانس ) بیولوژیک می باشد . با این نرم افزار می توان سکانس اسید های آمینه در پروتئین ها یا نوکلئوتید ها را در DNA را با هم مقایسه کرد . این نرم افزار به پژوهشگر اجازه می دهد تا یک سکانس را با سکانس مرجع یا سکانسی که در data base وجود دارد ، مقایسه کرد . شناسایی سکانس های موجود در data base که بیشترین شباهت را با سکانس مورد نظر دارد از دیگر قابلیت های این نرم افزار است . بر حسب نوع سکانس انواع مختلفی از بلاست امکان پذیر است . مثلا اگر یک ژن ناشناخته در موش که قبلا اطلاعاتی از آن در اختیار نبوده ، باید بررسی شود ، یک محقق ترجیح می دهد این سکانس را با ژنوم انسان بلاست کند. این نرم افزار در NIH ( موسسه ملی بهداشت آمریکا) طراحی شد . بلاست یکی از برکاربردترین نرم افزارها در بیوانفورماتیک است که با سرعت مطلوب مقایسه مورد نظر را انجام می دهد . سرعت زمانی اهمیت خود را نشان می دهد که با ژنوم کامل روبرو باشیم . پیش از طراحی این نرم افزار مقایسه سکانس ها بسیار وقت گیر بود . برخی از اطلاعاتی که با استفاده از نرم افزار بلاست بدست می آید عبارتند از
1- کدام گونه ها ی بکتریایی دارای پروتئین خاصی هستند که با یک پروتین که سکانس آن مشخص است ، شباهت دارد
2- یک سكانس خاص DNA از کجا منشا گرفته است .
3- چه ژنهایی یک موتیف یا ساختار ویژه را دارند .
در سایت NCBI بخشی برای این نرم افزار و نیز اموزش کار با آن قرار دارد .

لینک نرم افزار بلاست

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

لینک آموزش استفاده از نرم افزار بلاست

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs

 

[molcular]

ممنون خیلی کار خوبی کردید

 

[S@ray]

تشکر مهنذس

 

[unique25]

ممنون ازکاری که شروع کردی امیدوارم که همه بتونیم ادامش بدیم

 

[rastegararash2]

کسی هست آموزش نرم افزار linreg pcrرا بلد باشه برای بررسی بیان ژن می خوام لطفا سریعتر